木浦小孩大海科学馆一共有5个展示空间. ‘大海想象空间’作为科学馆的进入部，让孩子们想象大海，引起他们好奇心的展示空间. 下一个展示空间是‘深深的大海’，以‘大海和探索’为主题，在深海底发现的海底资源以及海底地形，利用潜水艇探索的过程，‘资源探索’, ‘这儿那儿大海探索’等体验空间. 在 2层以‘中间大海’ ‘大海和生物’为主题，在中间大海可以体验到适应以及生存的生物们之特征和多样化， 有‘大海内部捉迷藏’, ‘忙碌的中间大海’等各种各样的展示空间. ‘浅海’以 ‘大海和环境’为主题，在海洋里可以获得的能源资源，乘坐帆船，地效翼船， 可以体验海洋休闲娱乐活动，最后‘大海小孩子’以婴幼儿为对象，构筑了泥滩游乐园，为了刺激孩子们的感觉而构成的空间. 除此以外还有可以欣赏到和海洋有关的 ‘4D视频馆’, ‘泥滩生态水槽’等.